正值抗疫关键节点，能否切断粪口传播，很大程度上取决于如何对医疗污水和城镇污水进行安全处置。
为及时应对疫情发展，生态环境部早在2月初相继印发《关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水监管工作的通知》《新型冠状病毒污染的医疗污水应急处理技术方案(试行)》《应对新型冠状病毒感染肺炎疫情应急监测方案》，进一步规范医疗污水应急处理、杀菌消毒要求，防止新型冠状病毒通过粪便和污水扩散传播。
作为水处理过程中杀灭病原微生物、降低水传播疾病传播风险的重要保障，上述政策均强化了城镇污水处理消毒管理。具体来看，明确对城镇污水处理厂，要督促其加强消毒工作，确保出水粪大肠菌群数指标达到相关排放标准要求。在饮用水水源地常规监测的基础上，增加余氯和生物毒性等疫情防控特征指标的监测。因地制宜建设临时性污水处理罐(箱)，采取加氯、过氧乙酸等措施进行杀菌消毒。
在出水环节，出于确保病菌指标达标的考虑，保持一定余氯含量也成为了短期内的行业共识。按照《医疗机构水污染物排放标准》(GB 18466-2005)，传染病医疗机构污水排放标准的卫生学指标是粪大肠菌群数小于100MPN/L，肠道致病菌、肠道病毒均不得检出。迄今，尽管多地对两项指标排放标准不尽相同，但大部分区域明确余氯不低于0.5mg/L，粪大肠菌群数不高于1000个/L。
目前常用的消毒方式有氯化、臭氧化和紫外三类。这其中，对于产生的污水最有效的消毒方法是投加消毒剂。除部分大型医疗机构采用臭氧和二氧化氯消毒，绝大部分定点医疗机构、新建成投用的医院、临时集中隔离场所都采用次氯酸盐。而在疫情严重地域，条件允许时，执行一级B标准的污水处理厂，可考虑适当提高消毒剂量，尽量达到一级A标准限值的消毒程度。此外，按照目前的投加情况，吨水处理成本约上升0.08元左右。
虽然含氯消毒剂用得越多，消毒杀菌效果越好，但并非越多越好。但更为值得关注的是，为避免过度消毒造成对水环境生态的不利影响，非极特殊情况，不必要过量投加消毒药剂。自来水和市镇生活污水的传统消毒工艺就是用含氯制剂来消毒，即使是过量使用消毒剂，对地表水的影响不大，但对土壤和植被影响相对较大。同时由于绝大部分污水处理厂采用生物处理工艺，污水中如存在过量余氯，将可能降低或抑制活性污泥的活性，影响生物处理单元的正常运行。
中国人民大学环境学院副院长王洪臣认为， “城镇污水处理厂在疫情期间应确保稳定运行，一般不需要采取其他强化处理措施，稳定运行就是最重要的防控。” 换言之，污水处理单位在消毒剂尤其是含氯消毒剂的使用上，既要足量投放，也要控好上限。少数小型城镇污水处理厂建设标准较低，还没有设置深度处理设施，可视情适当增加投药量，增强消毒效果，但要关注消毒药剂对受纳水体水生生物的影响。
同时还应关注疫情防控期间因大量使用强氧化性消毒剂加剧进水碳源不足的问题，加强出水TN、TP指标的监控，必要时投加外部碳源或相应提高药剂投加量，保障生物处理系统的脱氮除磷能力。特别是对消毒工艺设备的巡检检查，确保病原微生物指标满足国标标准，保障出水水质安全。
