生物堆肥发酵除臭法是以污水处理厂的污泥、城市垃圾、动物粪便等有机固废物为原料，经好氧发酵得到的熟化堆肥中生长着许多微生物，可以像土壤那样用作脱臭的滤料。
生物堆肥发酵除臭法一般分为两种类型：堆肥覆盖在臭气发生源或出口处，自然生化脱臭;臭气发生源较多时，将其汇总到一处，集中送到除臭装置中脱臭。可利用泥炭、堆肥、木屑、小麦壳或大米壳、植物枝杈、树叶等为滤料，彼此相互混合形成一种有利于气体通过的疏松结构即堆肥过滤层。堆肥滤池一般在地面挖浅坑或筑台池，池底设排水管，在池的一侧或池内设输气总管，总管上接出直径约125mm的多孔配气支管，并覆盖沙石等材料，形成厚50~100mm的气体分配层，在分配层上再摊放厚500〜600mm的堆肥过滤层。过滤气速度通常在0.01—0.1m/s范围内。
生物堆肥发酵除臭法的运行需要严格的管理。堆肥这种形式是微生物繁殖最适宜的场所，好氧细菌的繁殖密度高，整个设施紧凑，去除率比土壤法高，气固接触时间只需30s，而土壤法则需要50s以上，在运行过程中要经常观测。另外，为保证净化效果，必须保证滤层温度稳定，不能波动太大，阻力均匀稳定。滤层表面受损或材料腐蚀，可能造成滤层板结，温度波动大或气体过分干燥，滤层可能开成裂缝。出现上述情况，必须用机械将滤层扒松、平整。如经上述处理后，滤层阻力仍过大，则必须更换滤料。如果臭气含尘过大则最好经过预除尘处理。由于堆肥是由可生物降解的物质的构成，因而寿命有限。运行一年后，系统也会酸化或碱化，应及时调整pH值，同时要定期补充微生物生长所需的养料。
